As normas ambientais relacionadas à qualidade da água e efluentes incluem a Resolução CONAMA 357/05, que classifica os corpos d'água e estabelece critérios de enquadramento com base no uso da água e nos padrões necessários para atender às necessidades das comunidades.
As quatro nascentes localizadas dentro da reserva, são classificadas como Classe 2. os trabalhos de preservação da área tem melhorado a qualidade da água porém não se deve consumir diretamente as aguas das nascentes sem o devido tratamento.
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